La historia del juego, es por una parte, como la historia que poseen todos los juegos de pokemon, es  decir, conseguir todas las medallas, que en este caso son mas de ocho medallas, ya que el juego va a tener dos regiones (de momento). Por lo que el juego tendrá dos ligas pokemon y 16 gimnasios.

A su vez, una historia mucho mas profunda, en la que la profesora Trina, nos guiará por las dos regiones con la ayuda de 2 profesores mas, entre ellos uno que ya conocemos bien...

No puedo desvelar mucho, pero la trama esta en que la profesora ha estado 5 años trabajando en una maquina del tiempo, y ya esta completa, te imaginas viajar al pasado y futuro, para revivir los momentos mas miticos, pues lo siento, por que esa es la intencion, pero el team x esta aqui para impedirlo, y robar la maquina para sus propios beneficios... ¿A que esperas? La maquina del tiempo, te esta esperando...